此后，约翰继承英格兰王位，爱尔兰的土地就直接归属英国王室。然而，诺曼人的数量在爱尔兰并不算多，加上金雀花王朝逐渐衰弱，失去了对爱尔兰的有效控制。与此同时，爱尔兰本土的贵族与维京人联合起来，开始反抗诺曼人的统治。1378年，黑死病侵袭爱尔兰，爱尔兰本土的大部分人并未受到太大影响，而居住在城镇的英格兰人遭受了巨大的损失。这场瘟疫改变了爱尔兰的格局，诺曼人逐渐被本土文化同化，直到15世纪时，英格兰对爱尔兰的实际控制几乎消失。英格兰的注意力完全转向了百年战争和玫瑰战争。
直到都铎王朝的建立，英格兰才再次重视爱尔兰的事务。1494年，亨利七世颁布了一项法令，规定爱尔兰议会的决议必须得到英格兰国王的批准。但在这一时期，英格兰对爱尔兰的统治范围仅限于东部的都柏林周边。到了16世纪初，欧洲新教改革席卷全欧洲，英格兰也开始实施自身的宗教改革。亨利八世在与罗马教廷的冲突中，主张脱离天主教，推动英格兰宗教改革，并通过一系列法案，使自己成为英格兰的最高宗教领袖。然而，爱尔兰绝大多数人依然是忠于罗马教廷的天主教徒，这使得亨利八世非常担心爱尔兰成为西班牙等天主教国家的温床。
因此，亨利八世于1542年宣布自己为爱尔兰国王，爱尔兰正式成为爱尔兰王国，但此举并未得到其他天主教列强的承认。在亨利八世去世后，他的继任者—儿子爱德华六世继续执行新教改革。但爱德华死后，玛丽一世继位，她信仰天主教，并受到爱尔兰的支持，成为爱尔兰的女王。然而，玛丽一世去世后，伊丽莎白一世继位，她是坚定的新教徒，英格兰与爱尔兰的矛盾也再次激化。1603年，伊丽莎白一世去世，詹姆斯六世继位，成为英格兰国王。在詹姆斯一世的统治下，英格兰首次对爱尔兰实施了全面的中央集权。
1614年，英格兰进一步控制爱尔兰议会，天主教徒的地位迅速下降。与此同时，英国开始大量将苏格兰和英格兰的新教殖民者移民到爱尔兰，尤其是北部的厄尔斯特省，形成了以新教为主的社会结构。这种殖民活动加剧了当地天主教徒与新教徒之间的紧张关系，并为后来的冲突埋下了伏笔。1641年，阿尔斯特的天主教徒爆发了反抗英格兰统治的叛乱，然而紧接着爆发的英国内战让局势更加复杂。
到1650年代，克伦威尔的军队对爱尔兰进行了大规模的征服，约一半的爱尔兰人口死于战争或被流放。1660年英国君主制恢复，查理二世继位，但他死后，英格兰和苏格兰的宗教矛盾再次激化。1688年，光荣革命爆发，詹姆斯二世被废除，荷兰的威廉三世成为新国王。威廉三世与妻子玛丽二世共同成为英格兰国王，然而由于爱尔兰的天主教徒多半支持詹姆斯二世，威廉三世的统治遭到了爱尔兰人的强烈反对。最终，詹姆斯二世在1690年的波尼战役中败北，爱尔兰继续在英国的统治下。
进入18世纪，爱尔兰的天主教徒仍被新教徒统治。1707年，英格兰和苏格兰联合，创建了大不列颠王国。而爱尔兰的政治局势依然没有得到根本改善。19世纪，爱尔兰爆发了频繁的独立运动，并且在1840年代发生了大饥荒，英国政府的冷漠态度加剧了当地的不满。爱尔兰独立运动的浪潮愈演愈烈，1893年，格莱斯顿两度提出自治法案，尽管未能通过，但仍然为后来的爱尔兰独立铺平了道路。
1914年，爱尔兰自治法案获得通过，但由于第一次世界大战爆发，该法案未能实施。1916年，爱尔兰爆发复活节起义，尽管起义被英军镇压，但它为爱尔兰的独立运动提供了巨大的动力。经过数年的游击战和谈判，最终爱尔兰共和国于1922年独立，成立了爱尔兰自由国。北爱尔兰则依旧留在英国，成为大不列颠和北爱尔兰联合王国的一部分。
然而，北爱尔兰与爱尔兰之间的矛盾并没有因此消失。20世纪下半叶，北爱尔兰爆发了长达30年的暴力冲突，教派之间的对立和民族主义者与联合主义者的争斗成为了冲突的根源。1998年，随着《耶稣受难日协议》的签署，北爱尔兰的局势得到了缓解，并且爱尔兰共和国宣布放弃对北爱尔兰的领土要求。然而，北爱尔兰的归属问题仍然是一个悬而未决的议题，未来仍然充满变数。
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